Sakura wurde von Shin in sein Versteck entführt, wo sie als Geisel gehalten wird. Dort verrät er ihr das Geheimnis, worauf es bei der Entwicklung des Menschen ankommt. Und zwar die Gene. Währenddessen treffen Naruto und Sasuke auf Orochimaru, der ihnen von seinem entflohenen Experiment erzählt.